実験医学 32巻 20号

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発行元: 羊土社

ISSN: 0288-5514

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今日から使える! データベース・ウェブツール達人になるための実践ガイド100 序

内藤雄樹

実験医学 32 (20) 3164-3164, 2014.

アブストラクト：従量制は110円（税込）、基本料金制は基本料金に含まれます。

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略語一覧

編集部
編集部
実験医学 32 (20) 3171-3171, 2014.

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1. ビッグデータ時代における統合データベースプロジェクトの意義, 現状, 課題

高木利久
東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻, 科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター
実験医学 32 (20) 3173-3177, 2014.

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2. DDBJ

中村保一
国立遺伝学研究所DDBJセンター
実験医学 32 (20) 3178-3184, 2014.

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3. 生命科学データベース統合の基盤技術

片山俊明
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3185-3190, 2014.

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4. FANTOM5 - ヒト・マウスの広範な細胞を対象とした転写開始活性の網羅的・定量的プロファイル

粕川雄也1), 川路英哉1),2),3)
1)理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター機能性ゲノム解析部門, 2)理化学研究所予防医療・診断技術開発プログラム, 3)理化学研究所情報基盤センター予防医療・ゲノミクス応用開発ユニット
実験医学 32 (20) 3191-3196, 2014.

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5. NGSデータ解析

岩崎渉1),2), 尾崎遼2)
1)東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻, 2)東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻
実験医学 32 (20) 3197-3202, 2014.

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6. ウェットな研究にデータベースやウェブツールを役立てるための秘訣

坊農秀雅
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3203-3207, 2014.

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1. 統合TV 生命科学分野のデータベース・ウェブツールの使い方を動画で紹介

小野浩雅
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3209-3211, 2014.

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2. Google検索のテクニック研究に役立つTips

伊藤真和吏
医薬基盤研究所バイオインフォマティクスプロジェクト
実験医学 32 (20) 3212-3214, 2014.

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3. Integbioデータベースカタログ国内外の生命科学系データベースを一覧から探す

坂東明日佳
バイオサイエンスデータベースセンター
実験医学 32 (20) 3215-3216, 2014.

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4. J-GLOBAL さまざまな科学技術情報のつながりをたどって一括情報収集

木村考宏
科学技術振興機構
実験医学 32 (20) 3217-3218, 2014.

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5. 生命科学データベース横断検索 450以上のデータベースの "中身" を一括検索

大波純一
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター
実験医学 32 (20) 3219-3220, 2014.

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6. Sagace 創薬・疾患研究のためのデータベース横断検索サービス

伊藤真和吏, 水口賢司
医薬基盤研究所バイオインフォマティクスプロジェクト
実験医学 32 (20) 3221-3222, 2014.

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1. UCSCゲノムブラウザウェブサービスとデータベース

三嶋博之
長崎大学原爆後障害医療研究所人類遺伝学
実験医学 32 (20) 3223-3225, 2014.

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2. Ensembl ゲノムブラウザ, アノテーションのデータベース

坊農秀雅
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3226-3228, 2014.

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3. TogoGenome セマンティック・ウェブによるゲノムデータベース

片山俊明, 川島秀一
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3229-3230, 2014.

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4. GOLD さまざまな生物種のゲノム配列解読情報を集めたデータベース

天竺桂弘子
東京農工大学農学研究院
実験医学 32 (20) 3231-3232, 2014.

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5. BioProject 「プロジェクト」からデータを探す

児玉悠一
国立遺伝学研究所DDBJセンター
実験医学 32 (20) 3233-3234, 2014.

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6. PGDBj 植物ゲノム関連データベースの統合

平川英樹1), 市原寿子1), 浅水恵理香1), 中谷明弘2), 中村保一1), 田畑哲之1)
1)かずさDNA研究所, 2)大阪大学
実験医学 32 (20) 3235-3236, 2014.

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7. MicrobeDB.jp ゲノム・メタゲノム情報を核とした微生物の統合データベース

森宙史1), 黒川顕2)
1)東京工業大学大学院生命理工学研究科, 2)東京工業大学地球生命研究所
実験医学 32 (20) 3237-3238, 2014.

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8. GGRNA キーワードや配列から遺伝子をGoogleのように検索

内藤雄樹
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3239-3240, 2014.

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9. BioGPS 遺伝子発現プロファイルのデータベース

沖嘉尚
日本大学生物資源科学部
実験医学 32 (20) 3241-3242, 2014.

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10. Gene Wiki Wikipediaによる遺伝子百科事典

水野洋介
埼玉医科大学ゲノム医学研究センターゲノム科学部門
実験医学 32 (20) 3243-3244, 2014.

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11. Rfam 非コードRNAファミリーのデータベース

水野洋介
埼玉医科大学ゲノム医学研究センターゲノム科学部門
実験医学 32 (20) 3245-3246, 2014.

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12. miRBase マイクロRNAのデータベース

高橋朋子, 程久美子
東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻
実験医学 32 (20) 3247-3248, 2014.

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13. マイクロRNAの標的予測ウェブサイト

高橋朋子, 程久美子
東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻
実験医学 32 (20) 3249-3252, 2014.

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14. ncRNA.org 機能性RNAの解析ツールやデータベースを集めたポータルサイト

光山統泰
産業技術総合研究所
実験医学 32 (20) 3253-3254, 2014.

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15. mfold, CentroidFold RNAの二次構造予測ツール

光山統泰
産業技術総合研究所
実験医学 32 (20) 3255-3257, 2014.

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16. NCBI BLAST 塩基配列またはアミノ酸配列の類似性検索とアライメント

藤澤貴智
国立遺伝学研究所生命情報研究センター大量遺伝情報研究室
実験医学 32 (20) 3258-3260, 2014.

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17. BLAT リファレンスゲノムに対する高速な配列類似性検索ツール

神田将和
埼玉医科大学ゲノム医学研究センター
実験医学 32 (20) 3261-3262, 2014.

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18. GGGenome 高速な塩基配列の検索ツール

内藤雄樹
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3263-3264, 2014.

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19. Clustalシリーズ塩基配列, アミノ酸配列のマルチプルアラインメントプログラム

小笠原理
国立遺伝学研究所発現解析
実験医学 32 (20) 3265-3266, 2014.

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20. MAFFTウェブサービスアミノ酸または塩基配列のマルチプルアラインメント

加藤和貴
大阪大学IFReC
実験医学 32 (20) 3267-3268, 2014.

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21. Jalview 多重配列アラインメントのビューワ/エディタ

坊農秀雅
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3269-3270, 2014.

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22. Primer3 幅広いニーズに対応するPCRプライマー設計の定番ツール

仲地ゆたか
埼玉医科大学ゲノム医学研究センター
実験医学 32 (20) 3271-3272, 2014.

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23. siDirect RNAiに用いるsiRNAの設計ツール

内藤雄樹
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3273-3274, 2014.

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24. CRISPRdirect CRISPR/Cas9ゲノム編集法のガイドRNA設計ツール

日野公洋1), 内藤雄樹2), 坊農秀雅2), 程久美子1)
1)東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻, 2)ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3275-3276, 2014.

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25. WABI DDBJのデータベース・解析サービスのWeb API

小笠原理
国立遺伝学研究所発現解析
実験医学 32 (20) 3277-3278, 2014.

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26. Codon Usage Database 生物種ごとあるいは遺伝子群のコドン使用頻度を検索 / 集計

中村保一
国立遺伝学研究所DDBJセンター
実験医学 32 (20) 3279-3280, 2014.

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27. NCBI Taxonomy, One Codex 生物種と分類のデータベース, 塩基配列から生物種を推定するツール

藤澤貴智
国立遺伝学研究所生命情報研究センター大量遺伝情報研究室
実験医学 32 (20) 3281-3284, 2014.

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1. UniProt アミノ酸配列と機能情報の基本データベース

川島秀一
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3285-3286, 2014.

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2. InterPro タンパク質配列解析と分類のためのデータベース

坊農秀雅
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3287-3288, 2014.

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3. PDBj タンパク質・核酸などの立体構造データベース

金城玲
大阪大学蛋白質研究所
実験医学 32 (20) 3289-3290, 2014.

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4. STRING タンパク質間相互作用データベース

荒木啓充
九州大学大学院医学研究院
実験医学 32 (20) 3291-3292, 2014.

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5. BioGRID タンパク質間・遺伝子間相互作用のデータベース

田中芳幸, 粕川雄也
理化学研究所
実験医学 32 (20) 3293-3294, 2014.

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6. Reactome ヒトを中心としたパスウェイデータベース

河野信
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3295-3296, 2014.

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7. BRENDA 酵素反応データベース

河野信
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3297-3298, 2014.

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1. GEO, ArrayExpress 公共遺伝子発現データベース

坊農秀雅
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3299-3301, 2014.

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2. RefEx ヒト, マウス, ラットの遺伝子発現情報リファレンスデータセット

小野浩雅
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3303-3304, 2014.

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3. The Human Protein Atlas ヒトのタンパク質発現情報データベース

小野浩雅
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3305-3306, 2014.

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4. Gene Ontology 遺伝子の機能, 局在, 細胞内での役割を記述するための標準用語

大宮寛子, 粕川雄也
理化学研究所
実験医学 32 (20) 3307-3308, 2014.

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5. OMIM, Gendoo ヒト疾患および疾患関連遺伝子の解説と特徴プロファイル

仲里猛留
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3309-3312, 2014.

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6. DAVID, PANTHER 実験で得られた遺伝子群の特徴を可視化

沖嘉尚
日本大学生物資源科学部
実験医学 32 (20) 3313-3314, 2014.

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7. GeneSetDB 遺伝子セット解析用データベース, 遺伝子セット検索・解析ツール

荒木啓充
九州大学大学院医学研究院
実験医学 32 (20) 3315-3316, 2014.

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1. ChEMBL 医薬品および開発化合物のデータベース

大川和史
持田製薬株式会社
実験医学 32 (20) 3317-3318, 2014.

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2. PubChem 低分子化合物の生物学的活性データベース

大川和史
持田製薬株式会社
実験医学 32 (20) 3319-3320, 2014.

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3. Open TG-GATEs 薬剤を暴露した際の遺伝子発現情報と毒性情報のデータベース

五十嵐芳暢
独立行政法人医薬基盤研究所
実験医学 32 (20) 3321-3322, 2014.

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1. NBRPデータベースバイオリソース (実験生物材料) のデータベース

山崎由紀子
国立遺伝学研究所
実験医学 32 (20) 3323-3324, 2014.

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2. 細胞バンクのデータベース ATCC, ECACC, DSMZ, JCRB細胞バンク, 理研BRC細胞バンク

山崎由紀子
国立遺伝学研究所
実験医学 32 (20) 3325-3329, 2014.

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1. SEQanswers, BioStar, NGS Surfer's Wiki NGSのQ&Aサイトと情報源

神田将和
埼玉医科大学ゲノム医学研究センター
実験医学 32 (20) 3331-3333, 2014.

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2. DBCLS SRA SRAに公開された新型シーケンサの一次配列データを検索する

大田達郎, 仲里猛留
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3334-3336, 2014.

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3. DDBJ Read Annotation Pipeline クラウド型NGS解析パイプライン

長崎英樹
国立遺伝学研究所大量遺伝情報研究室
実験医学 32 (20) 3337-3338, 2014.

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4. Galaxy ゲノム解析プラットフォーム

長崎英樹
国立遺伝学研究所大量遺伝情報研究室
実験医学 32 (20) 3339-3340, 2014.

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5. さまざまなヒトバリエーションデータベース NGSデータ処理のための活用法

三嶋博之
長崎大学原爆後障害医療研究所人類遺伝学
実験医学 32 (20) 3341-3343, 2014.

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6. がんゲノムデータベース個別化医療にむけたオミクスデータの収集と解析

山中遼太
東京大学先端科学技術研究センター
実験医学 32 (20) 3344-3346, 2014.

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1. PubMed, PMC 生命科学系文献検索の王道

仲里猛留
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3347-3349, 2014.

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2. Google Scholar 学術論文を「ググる」

仲里猛留
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3350-3352, 2014.

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3. CiNii 日本の学術論文の検索・閲覧 & 大学図書館の図書の検索

岡部晋典
同志社大学学習支援・教育開発センター
実験医学 32 (20) 3353-3354, 2014.

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4. Mendeley, EndNote Web 文献管理ツール. 効率的に文献を分類・共有・レファレンス作成

森田純子, 糟谷豪
東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻
実験医学 32 (20) 3355-3357, 2014.

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5. 「新着論文レビュー」と「領域融合レビュー」 Webにて無料で読めるわかりやすく信頼できる日本語のレビュー

飯田啓介
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3359-3360, 2014.

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1. ライフサイエンス辞書欧米人が書いた論文抄録1億語からつくられた20万語シソーラス

金子周司
京都大学大学院薬学研究科
実験医学 32 (20) 3361-3362, 2014.

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2. Allie 生命科学分野の略語を検索

山本泰智
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3363-3364, 2014.

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3. inMeXes 生命科学分野の英語表現を高速, 軽快に検索

山本泰智
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3365-3366, 2014.

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4. Googleドライブを活用した共同論文執筆原稿をオンラインで共有・編集し, 論文執筆のクラウド化を実現

糟谷豪
東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻
実験医学 32 (20) 3367-3368, 2014.

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5. difff《デュフフ》テキスト比較ツール

内藤雄樹
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3369-3370, 2014.

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6. Wolfram Alpha 高機能オンライン関数電卓

杉浦悠
基礎生物学研究所
実験医学 32 (20) 3371-3372, 2014.

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7. Cytoscape ネットワーク解析および可視化ツール

櫛田達矢
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター
実験医学 32 (20) 3373-3374, 2014.

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8. OpenRefine データセットのクレンジング, 解析, 変換ツール

鐘ヶ江弘美1), 藤澤貴智2)
1)東京大学大学院農学生命科学研究科生産・環境生物学専攻生物測定学研究室, 2)国立遺伝学研究所生命情報研究センター大量遺伝情報研究室
実験医学 32 (20) 3375-3376, 2014.

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9. BioMart 遺伝子に関するさまざまな情報を自在に取得・加工できる多機能ツール

仲地ゆたか
埼玉医科大学ゲノム医学研究センター
実験医学 32 (20) 3377-3379, 2014.

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10. TogoTable 手持ちのIDリストにさまざまな情報を自動取得して付加するツール

河野信
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3381-3382, 2014.

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11. TogoWS シンプルなURLで公共DBのエントリを自在に取得

片山俊明
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3383-3384, 2014.

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12. TogoDB 研究データを簡単に高機能データベース化

片山俊明
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3385-3386, 2014.

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13. Togo Picture Gallery ポスターやスライドで使える生命科学分野のイラスト集

比留川治子
名古屋大学トランスフォーマティブ生命分子研究所
実験医学 32 (20) 3387-3388, 2014.

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14. Slideshare 研究発表や講義の資料を共有し, 情報共有の効率を高める

大田達郎
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3389-3390, 2014.

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15. 研究者の情報を調べる研究成果, 研究資金, 本人が発信する情報から

内藤雄樹
ライフサイエンス統合データベースセンター
実験医学 32 (20) 3391-3393, 2014.

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16. JREC-IN Portal and Beyond 研究キャリア形成に有用なウェブツール

広海健
情報・システム研究機構国立遺伝学研究所リサーチ・アドミニストレーター室
実験医学 32 (20) 3394-3396, 2014.

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17. UMIN FIND UMIN研究助成等データベース

木内貴弘, 石川ひろの
東京大学大学院医学系研究科医療コミュニケーション学分野, 東京大学医学部附属病院大学病院医療情報ネットワーク研究センター
実験医学 32 (20) 3397-3398, 2014.

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18. UMIN学会情報日本国内の医学系学術団体および学術集会のサブタイトル

木内貴弘, 石川ひろの
東京大学大学院医学系研究科医療コミュニケーション学分野, 東京大学医学部附属病院大学病院医療情報ネットワーク研究センター
実験医学 32 (20) 3399-3400, 2014.

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