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書籍詳細

未契約
書籍名 実験医学別冊 エピジェネティクス実験スタンダード
出版社 羊土社
発行日 2017-06-01
著者
  • 牛島俊和(編集)
  • 眞貝洋一(編集)
  • 塩見春彦(編集)
ISBN 9784758101998
ページ数 399
版刷巻号 第1刷
分野
シリーズ 実験医学別冊
閲覧制限 未契約

遺伝子みるならエピもみよう!DNA修飾、ヒストン修飾、ncRNA、クロマチン構造解析で結果を出せるプロトコール集。目的に応じた手法の選び方から、解析の幅を広げる応用例までを網羅した決定版。

目次

  • 表紙
  • カバー画像解説
    P.2
  • はじめに
    P.3
  • 目次
    P.7
  • I エピジェネティクス解析ナビ
    P.12
    • 1 DNAメチル化解析ナビ
    • 2 ヒストン化学修飾解析ナビ
    • 3 エピゲノム制御因子としての非コードRNA解析ナビ
  • II DNAメチル化解析
    P.36
    • (A) 個別領域の解析
      • 1 領域特異的バイサルファイトシークエンシング
      • 2 メチル化特異的PCR法
      • 3 制限酵素によるDNAメチル化検出
      • 4 パイロシークエンス法 複数のCpGメチル化の定量
      • 5 MassARRAYを用いたメチル化解析
      • 6 DNAメチル化酵素活性の解析
      • 7 5 - ヒドロキシメチルシトシンの解析 DNA免疫沈降 - リアルタイムPCR ( DIP - qPCR )
      • 8 DNA脱メチル化剤とHDAC阻害剤の処理
    • (B) 網羅的解析
      • 9 Infinium
      • 10 PBAT法によるメチローム解析
      • 11 MeDIP - Seq法 : メチルシトシン抗体による免疫沈降法
  • III ヒストン化学修飾解析
    P.153
    • (A) 全体像の解析
      • 1 ヒストン修飾抗体を用いたウエスタンブロット解析
      • 2 ヒストン修飾のイメージング
    • (B) 個別領域の解析
      • 3 クロマチン免疫沈降 ( ChIP ) 法
    • (C) 網羅的解析
      • 4 ChIP - Seq
      • 5 エピゲノムデータベースの現状と活用
    • (D) 酵素活性の測定
      • 6 HDAC活性・HAT活性測定法
      • 7 再構成ヌクレオソームを用いたヒストンメチル化活性測定
      • 8 ヒストン脱メチル化活性測定法 FDH - coupled assay
      • 9 ヒストンのリン酸化・ユビキチン化活性測定法
  • IV 非コードRNA解析
    P.251
    • (A) 長分子RNAの解析
      • 1 既知タンパク質に結合するRNAの網羅的解析手法 FAST - iCLIP
      • 2 lncRNAが結合するタンパク質・RNA・DNAの網羅的解析 ChIRP ( chromatin isolation by RNA purification )
      • 3 lncRNA複合体の細胞内局在と構造解析
      • 4 lncRNAの遺伝学的解析
    • (B) 小分子RNAの解析
      • 5 内在性小分子RNAの網羅的解析手法
  • V 核内高次構造解析
    P.323
    • 1 ヌクレオソーム解析 ( FAIRE - Seq )
    • 2 3C・4C法によるクロマチン高次構造解析
  • VI その他の新技術
    P.345
    • 1 エピゲノム編集
    • 2 シングルセル解析
    • 3 クロマチンに結合するタンパク質の網羅的解析 ラベルフリー定量法を用いたChEPなど
    • 4 特定のクロマチン領域に結合するタンパク質の網羅的解析 PICh法など
    • 5 メチル化酵素の新規標的分子の網羅的解析
  • 索引
    P.389
  • 執筆者一覧
    P.395
  • 編集プロフィール
    P.397
  • 奥付
  • 本電子書籍に関するご注意

参考文献

はじめに

P.6 掲載の参考文献

  • 1) Waddington CH : Endeavour, 1 : 18-20, 1942
  • 2) Bird A : Nature, 447 : 396-398, 2007
  • 3) Allis CD & Jenuwein T : Nat Rev Genet, 17 : 487-500, 2016
    pubmed
  • 4) Bonasio R, et al : Science, 330 : 612-616, 2010
  • 5) Smith ZD, et al : Nat Rev Mol Cell Biol, 17 : 139-154, 2016
  • 6) Sen P, et al : Cell, 166 : 822-839, 2016
  • 7) Feinberg AP, et al : Nat Rev Genet, 17 : 284-299, 2016
  • 8) Hattori N & Ushijima T : Genome Med, 8 : 10, 2016
  • 9) Maloney B & Lahiri DK : Lancet Neurol, 15 : 760-774, 2016
  • 10) Netea MG, et al : Science, 352 : aaf1098, 2016
    pubmed
  • 11) Ozanne SE : N Engl J Med, 372 : 973-974, 2015
  • 12) 「エピジェネティクスキーワード事典」 (牛島俊和, 眞貝洋一/編) 羊土社, 2013

I エピジェネティクス解析ナビ

P.22 掲載の参考文献

  • 1) Kohli RM & Zhang Y : Nature, 502 : 472-479, 2013
  • 2) Smallwood SA & Kelsey G : Trends Genet, 28 : 33-42, 2012
  • 3) Smith ZD & Meissner A : Nat Rev Genet, 14 : 204-220, 2013
    pubmed
  • 4) Hattori N & Ushijima T : Biochem Biophys Res Commun, 455 : 3-9, 2014
  • 5) Booth MJ, et al : Science, 336 : 934-937, 2012
  • 6) Yu M, et al : Nat Protoc, 7 : 2159-2170, 2012
  • 7) Ramsahoye BH : Methods Mol Biol, 200 : 17-27, 2002
  • 8) Okamoto A : ChemMedChem, 9 : 1958-1965, 2014
  • 10) Li B, et al : Cell, 128 : 707-719, 2007
    pubmed
  • 11) Lin JC, et al : Cancer Cell, 12 : 432-444, 2007
  • 12) Yang X, et al : Cancer Cell, 26 : 577-590, 2014
  • 13) Neri F, et al : Nature, 543 : 72-77, 2017
    pubmed
  • 14) Maeda M, et al : Gut, 10.1136/gutjnl-2016-313387, 2016
  • 15) Tang J, et al : Methods Mol Biol, 1238 : 653-675, 2015

P.28 掲載の参考文献

  • 1) 「エピジェネティクス実験プロトコール」 (牛島俊和, 眞貝洋一/編), 羊土社, 2008
  • 2) 「エピジェネティクスキーワード辞典」 (牛島俊和, 眞貝洋一/編), 羊土社, 2013
  • 3) 「Epigenetics, Second edition」 (Allis CD, Caparros ML, Jenuwein T & Reinberg D, eds), CSHL Press, 2015
  • 4) 「タンパク質の翻訳後修飾解析プロトコール」 (稲垣昌樹/編), 羊土社, 2006
  • 5) 「見つける, 量る, 可視化する! 質量分析実験ガイド」 (杉浦悠毅, 末松誠/編), 羊土社, 2013
  • 6) Allis CD, et al : Cell, 131 : 633-636, 2007

P.35 掲載の参考文献

  • 1) de Koning AP, et al : PLoS Genet, 7 : e1002384, 2011
  • 2) Quinn JJ & Chang HY : Nat Rev Genet, 17 : 47-62, 2016
  • 3) Skalska L, et al : Nature Rev Mol Cell Biol, doi : 10.1038/nrm.2017.12, 2017

II DNAメチル化解析

P.42 掲載の参考文献

  • 1) Hayatsu H, et al : Biochemistry, 9 : 2858-2865, 1970
  • 2) Hayatsu H, et al : Proc Jpn Acad Ser B, 80 : 189-194, 2004
  • 3) Shiraishi M & Hayatsu H : DNA Res, 11 : 409-415, 2004
  • 4) Tanaka K & Okamoto A : Bioorg Med Chem Lett, 17 : 1912-1915, 2007
  • 5) 佐々木裕之, 他 : 実験医学, 25 : 2191-2196, 2007
  • 6) 千葉初音, 佐々木裕之 : 「エピジェネティクス実験プロトコール」 (牛嶋俊和, 眞貝洋一/編), pp38-47, 羊土社, 2008
  • 7) Laird CD, et al : Proc Natl Acad Sci U S A, 101 : 204-209, 2004

P.57 掲載の参考文献

  • 1) Herman JG, et al : Proc Natl Acad Sci U S A, 93 : 9821-9826, 1996
  • 3) Weisenberger DJ, et al : Nucleic Acids Res, 36 : 4689-4698, 2008
  • 4) 牛島俊和, 服部奈緒子 : DNAメチル化解析ナビ. 「エピジェネティクス実験プロトコール」 (牛島俊和, 眞貝洋一/編), pp18-29, 羊土社, 2008
  • 5) 竹島秀幸, 牛島俊和 : 個別領域のDNAメチル化解析. 「エピジェネティクスキーワード事典」 (牛島俊和, 眞貝洋一/編), pp250-259, 羊土社, 2013
  • 6) Aranyi T, et al : BMC Bioinformatics, 7 : 431, 2006
  • 7) Tusnady GE, et al : Nucleic Acids Res, 33 : e9, 2005
  • 8) Niwa T, et al : Cancer Res, 70 : 1430-1440, 2010
  • 9) 丹羽透, 他 : MSPと定量的MSP. 「エピジェネティクス実験プロトコール」 (牛島俊和, 眞貝洋一/編), pp48-61, 羊土社, 2008

P.63 掲載の参考文献

  • 1) Hjelle BL, et al : Nucleic Acids Res, 10 : 3459-3474, 1982
  • 2) Xiong Z & Laird PW : Nucleic Acids Res, 25 : 2532-2534, 1997
  • 3) Ushijima T, et al : Proc Natl Acad Sci U S A, 94 : 2284-2289, 1997
  • 4) Toyota M, et al : Cancer Res, 59 : 2307-2312, 1999
  • 5) Estecio MR, et al : Genome Res, 17 : 1529-1536, 2007
  • 6) Hatada I, et al : Oncogene, 25 : 3059-3064, 2006

P.73 掲載の参考文献

  • 1) Colella S, et al : Biotechniques, 35 : 146-150, 2003
  • 2) Bell RE, et al : Genome Res, 26 : 601-611, 2016
  • 3) Lister R, et al : Nature, 462 : 315-322, 2009
  • 4) Becker C, et al : Nature, 480 : 245-249, 2011
  • 5) How-Kit A, et al : Plant Mol Biol, 88 : 471-485, 2015
  • 6) Qui Y, et al : J Biomed Nanotechnol, 11 : 1016-1026, 2015
  • 8) Maeda M, et al : Gut, doi : 10.1136/gutjnl-2016-313387, 2016
  • 9) Esteller M, et al : N Engl J Med, 343 : 1350-1354, 2000

P.84 掲載の参考文献

  • 1) 金田篤志 : 実験医学, 28 : 1765-1773, 2010
  • 2) Yagi K, et al : Clin Cancer Res, 16 : 21-33, 2010
  • 3) Yagi K, et al : Am J Pathol, 180 : 616-625, 2012
  • 4) Ehrich M, et al : Proc Natl Acad Sci U S A, 102 : 15785-15790, 2005
  • 5) Kaneda A, et al : Cancer Res, 64 : 6410-6415, 2004

P.94 掲載の参考文献

  • 1) Dhayalan A, et al : J Biol Chem, 285 : 26114-26120, 2010
  • 2) Otani J, et al : EMBO Rep, 10 : 1235-1241, 2009
  • 3) Berkyurek AC, et al : J Biol Chem, 289 : 379-386, 2014
  • 4) Suetake I, et al : J Biol Chem, 279 : 27816-27823, 2004
  • 5) Takeshima H, et al : J Biochem, 139 : 503-515, 2006
  • 6) Poh WJ, et al : Theranostics, 6 : 369-391, 2016
  • 7) Robertson KD, et al : Nucleic Acids Res, 28 : 2108-2113, 2000
  • 8) Roth M & Jeltsch A : Biol Chem, 381 : 269-272, 2000
  • 9) Syeda F, et al : J Biol Chem, 286 : 15344-15351, 2011
  • 10) Hemeon I, et al : Anal Chem, 83 : 4996-5004, 2011

P.103 掲載の参考文献

  • 1) Wu H & Zhang Y : Cell, 156 : 45-68, 2014
  • 2) Yamaguchi S, et al : Nature, 492 : 443-447, 2012
  • 3) Yamaguchi S, et al : Nature, 504 : 460-464, 2013
  • 4) Wu H & Zhang Y : Nat Struct Mol Biol, 22 : 656-661, 2015
  • 5) Morita S, et al : Nat Biotechnol, 34 : 1060-1065, 2016
    pubmed

P.114 掲載の参考文献

  • 1) Jones PA, et al : Nat Rev Genet, 17 : 630-641, 2016
  • 2) Orta ML, et al : Nucleic Acids Res, 42 : 9108-9120, 2014
  • 3) Patel K, et al : Nucleic Acids Res, 38 : 4313-4324, 2010
  • 4) Chun P : Arch Pharm Res, 38 : 933-949, 2015
  • 5) 冨田章裕 : 医学のあゆみ, 255 : 639-646, 2016
  • 6) Cui Y, et al : Cancer Res, 74 : 3834-3843, 2014
  • 7) Rogstad DK, et al : Chem Res Toxicol, 22 : 1194-1204, 2009
  • 8) Moriguchi K, et al : Cancer Lett, 249 : 178-187, 2007
  • 9) 「原理からよくわかるリアルタイムPCR完全実験ガイド」 (北條浩彦/編), 羊土社, 2013
  • 10) Hattori N, et al : Cancer Sci, 102 : 1337-1343, 2011
  • 11) Okochi-Takada E, et al : Oncogene, 33 : 2273-2278, 2014
  • 12) 鈴木孝禎 : 医学のあゆみ, 255 : 654-658, 2016
  • 13) Structural Genomic Consortium : http://www.thesgc.org/ (2017年3月閲覧)

P.127 掲載の参考文献

  • 1) Moran S, et al : Epigenomics, 8 : 389-399, 2016
  • 2) Pidsley R, et al : Genome Biol, 17 : 208, 2016
  • 3) Bibikova M, et al : Genomics, 98 : 288-295, 2011
  • 4) Teschendorff AE, et al : Bioinformatics, 29 : 189-196, 2013
  • 5) Chen YA, et al : Epigenetics, 8 : 203-209, 2013
  • 6) Weisenberger DJ : J Clin Invest, 124 : 17-23, 2014
  • 8) Fujii S, et al : Oncotarget, 8 : 19039-19048, 2017
  • 9) Wang T, et al : Epigenetics, 10 : 662-669, 2015
  • 10) Illumina, Inc. : Infinium(R) MethylationEPIC BeadChip datasheet. (2017年4月閲覧)

P.143 掲載の参考文献

  • 1) Lister R, et al : Cell, 133 : 523-536, 2008
  • 2) Cokus SJ, et al : Nature, 452 : 215-219, 2008
  • 3) Lister R, et al : Nature, 462 : 315-322, 2009
  • 4) Miura F, et al : Nucleic Acids Res, 40 : e136, 2012
    pubmed
  • 5) Kobayashi H, et al : Genome Res, 23 : 616-627, 2013
    pubmed
  • 6) Shirane K, et al : PLoS Genet, 9 : e1003439, 2013
    pubmed
  • 7) Smallwood SA, et al : Nat Methods, 11 : 817-820, 2014
    pubmed
  • 8) 三浦史人, 伊藤隆司 : バイサルファイト変換で全ゲノムDNAメチル化を定量する. 「次世代シークエンス解析スタンダード」 (二階堂愛/編), pp143-155, 羊土社, 2014
  • 9) Miura F & Ito T : DNA Res, 22 : 13-18, 2015

P.152 掲載の参考文献

  • 1) Bird A : Genes Dev, 16 : 6-21, 2002
  • 2) Weber M, et al : Nat Genet, 37 : 853-862, 2005
  • 3) Lister R, et al : Nature, 462 : 315-322, 2009
  • 4) 「改訂第5版 新遺伝子工学ハンドブック」 (村松正實, 他/編), 羊土社, 2010
  • 5) 「エピジェネティクスキーワード事典」 (牛島俊和, 他/編), 羊土社, 2013
  • 6) Rauch T, et al : Cancer Res, 66 : 7939-7947, 2006
  • 7) Pastor WA, et al : Nature, 473 : 394-397, 2011
  • 8) Down TA, et al : Nat Biotechnol, 26 : 779-785, 2008
  • 9) Lienhard M, et al : Bioinformatics, 30 : 284-286, 2014
  • 12) Taiwo O, et al : Nat Protoc, 7 : 617-636, 2012
  • 13) Bernstein BE, et al : Cell, 125 : 315-326, 2006
    pubmed
  • 14) Wu H, et al : Genes Dev, 25 : 679-684, 2011
  • 15) Laird PW : Nat Rev Genet, 11 : 191-203, 2010

III ヒストン化学修飾解析

P.161 掲載の参考文献

  • 2) Fischle W, et al : Nature, 438 : 1116-1122, 2005

P.170 掲載の参考文献

  • 1) Guillot PV, et al : Exp Cell Res, 295 : 460-468, 2004
  • 4) Rechtsteiner A, et al : PLoS Genet, 6 : e1001091, 2010
  • 5) Kuo AJ, et al : Mol Cell, 44 : 609-620, 2011

P.186 掲載の参考文献

  • 1) Solomon MJ, et al : Cell, 53 : 937-947, 1988
  • 2) Orlando V : Trends Biochem Sci, 25 : 99-104, 2000
  • 3) Hebbes TR, et al : EMBO J, 7 : 1395-1402, 1988
  • 4) O'Neill LP & Turner BM : Methods, 31 : 76-82, 2003
  • 5) 林陽子, 後藤友二, 木村宏 : 「エピジェネティクス実験プロトコール」 (牛島俊和, 眞貝洋一/編), 羊土社, 2008
  • 6) Ang YS, et al : Cell, 145 : 183-197, 2011

P.196 掲載の参考文献

  • 1) Komata M, et al : Methods Mol Biol, 1164 : 33-38, 2014
  • 3) Nakato R, et al : Genes Cells, 18 : 589-601, 2013

P.211 掲載の参考文献

  • 1) Insights from the International Human Epigenome Consortium. http://www.cell.com/consortium/IHEC (2017年3月閲覧)
  • 2) Cell, Vol. 167, Issue 5 : 1139-1430, 2016
  • 3) Romanoski CE, et al : Nature, 518 : 314-316, 2015
  • 4) Farlik M, et al : Cell Stem Cell, 19 : 808-822, 2016
  • 5) Epigenetic Databases, Tools and Resources. http://epigenie.com/epigenetic-tools-and-databases/ (2017年3月閲覧)
  • 6) TCGA Research Network Publications. https://cancergenome.nih.gov/publications (2017年3月閲覧)

P.221 掲載の参考文献

  • 1) 伊藤昭博, 吉田稔 : 日本臨牀 増刊号, 70 : 78-83, 2012
  • 2) Bhuiyan MP, et al : Bioorg Med Chem, 14 : 3438-3446, 2006
  • 3) Shah AA, et al : Biol Pharm Bull, 39 : 1739-1742, 2016
  • 4) North BJ, et al : Methods, 36 : 338-345, 2005
  • 5) Rumpf T, et al : Nat Commun, 6 : 6263, 2015

P.232 掲載の参考文献

  • 1) 束田裕一 : 5章 ヒストンメチル化. 「遺伝子発現制御機構」 (田村隆明, 浦聖惠/編), pp46-58, 東京化学同人, 2017
  • 2) Loyola A, et al : Mol Cell, 24 : 309-316, 2006
  • 3) Ura K & Kaneda Y : Methods Mol Biol, 181 : 309-325, 2001
  • 5) Dorigo B, et al : J Mol Biol, 327 : 85-96, 2003
  • 6) Trojer P, et al : J Biol Chem, 284 : 8395-8405, 2009
  • 7) Luger K, et al : Methods Enzymol, 304 : 3-19, 1999
  • 8) Kashiwagi K, et al : Nucleic Acids Res, 39 : 874-888, 2011
  • 9) 佐伯英昭, 浦 聖惠 : ヌクレオソームの再構成法とその構造解析法. 「実験医学別冊 基礎から先端までのクロマチン・染色体実験プロトコール」 (押村光雄, 平岡 泰/編), pp84-97, 羊土社, 2004

P.239 掲載の参考文献

  • 1) Markolovic S, et al : Curr Opin Struct Biol, 41 : 62-72, 2016
  • 2) Williams ST, et al : Epigenetics, 9 : 1596-1603, 2014
  • 3) Goda S, et al : J Biol Chem, 288 : 36948-36956, 2013
  • 4) Krishnan S & Trievel RC : Methods Enzymol, 573 : 279-301, 2016
  • 5) Roy TW & Bhagwat AS : Nucleic Acids Res, 35 : e147, 2007
  • 6) Shiau C, et al : Chem Biol, 20 : 494-499, 2013
  • 7) Horton JR, et al : Nat Struct Mol Biol, 17 : 38-43, 2010
  • 8) Gale M & Yan Q : Epigenomics, 7 : 57-65, 2015

P.250 掲載の参考文献

  • 1) Shimada M, et al : Cell, 132 : 221-232, 2008
  • 2) Karagianni P, et al : Mol Cell Biol, 28 : 705-717, 2008

IV 非コードRNA解析

P.273 掲載の参考文献

  • 3) Hafner M, et al : J Vis Exp, 41 : e2034, 2010
  • 4) Konig J, et al : Nat Struct Mol Biol, 17 : 909-915, 2010
    pubmed
  • 5) Konig J, et al : J Vis Exp, 50 : e2638, 2011
  • 6) Flynn RA, et al : RNA, 21 : 135-143, 2015
  • 7) Van Nostrand EL, et al : Nat Methods, 13 : 508-514, 2016
    pubmed
  • 8) Zarnegar BJ, et al : Nat Methods, 13 : 489-492, 2016

P.286 掲載の参考文献

  • 1) Rinn JL & Chang HY : Annu Rev Biochem, 81 : 145-166, 2012
  • 5) West JA, et al : Mol Cell, 55 : 791-802, 2014
  • 8) Quinn JJ, et al : Nat Biotechnol, 32 : 933-940, 2014
  • 9) Chu C, et al : Nat Struct Mol Biol, 22 : 29-35, 2015

P.298 掲載の参考文献

  • 1) Cerase A, et al : Proc Natl Acad Sci U S A, 111 : 2235-2240, 2014
  • 3) Staudt T, et al : Microsc Res Tech, 70 : 1-9, 2007
    pubmed
  • 4) Kirshner H, et al : J Microsc, 249 : 13-25, 2013
  • 6) 水戸麻理, 中川真一 : 実験医学, 33 : 206-210, 2015

P.310 掲載の参考文献

  • 1) 「Manipulating the Mouse Embryo : A Laboratory Manual, Fourth Edition」 (Behringer R, et al), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2014
  • 2) Okamoto I, et al : Development, 127 : 4137-4145, 2000
  • 3) Amakawa Y, et al : Development, 142 : 4299-4308, 2015
  • 4) Hoki Y, et al : Development, 136 : 139-146, 2009

P.322 掲載の参考文献

  • 1) Siomi H & Siomi MC : Nature, 457 : 396-404, 2009
  • 3) Miyoshi K, et al : Methods Mol Biol, 725 : 29-43, 2011
  • 4) Hirano T, et al : Methods Mol Biol, 1463 : 205-216, 2017
  • 5) McGinn J & Czech B : Methods Mol Biol, 1093 : 195-208, 2014
  • 6) Babraham Bioinformatics : FastQC. http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ (2017年3月閲覧)
  • 7) cutadapt. http://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/ (2017年3月閲覧)
  • 8) Langmead B & Salzberg SL : Nat Methods, 9 : 357-359, 2012
    pubmed
  • 10) Kent WJ, et al : Genome Res, 12 : 996-1006, 2002
    pubmed
  • 13) Matts JA, et al : Methods Mol Biol, 1093 : 123-136, 2014
  • 14) Hirano T, et al : RNA, 20 : 1223-1237, 2014
  • 15) Iorio MV & Croce CM : EMBO Mol Med, 4 : 143-159, 2012
  • 19) Hayashi R, et al : Nature, 539 : 588-592, 2016

V 核内高次構造解析

P.334 掲載の参考文献

  • 1) Maurano MT, et al : Nat Genet, 47 : 1393-1401, 2015
  • 2) Ernst J, et al : Nature, 473 : 43-49, 2011
  • 3) Banerji J, et al : Cell, 27 : 299-308, 1981
  • 4) Boyle AP, et al : Cell, 132 : 311-322, 2008
    pubmed
  • 5) Giresi PG, et al : Genome Res, 17 : 877-885, 2007
    pubmed
  • 6) Simon JM, et al : Nat Protoc, 7 : 256-267, 2012
  • 7) Buenrostro JD, et al : Nat Methods, 10 : 1213-1218, 2013
    pubmed
  • 8) Heintzman ND, et al : Nat Genet, 39 : 311-318, 2007

P.344 掲載の参考文献

  • 1) Dekker J, et al : Science, 295 : 1306-1311, 2002
  • 2) Simonis M, et al : Nat Genet, 38 : 1348-1354, 2006
  • 3) Dostie J, et al : Genome Res, 16 : 1299-1309, 2006
  • 4) Lieberman-Aiden E, et al : Science, 326 : 289-293, 2009
    pubmed
  • 6) Ishihara K, et al : Hum Mol Genet, 25 : 5383-5394, 2016
  • 7) Nagano T, et al : Nature, 502 : 59-64, 2013
    pubmed

VI その他の新技術

P.352 掲載の参考文献

  • 1) Tanenbaum ME, et al : Cell, 159 : 635-646, 2014
    pubmed
  • 3) Zalatan JG, et al : Cell, 160 : 339-350, 2015
  • 4) Chavez A, et al : Nat Methods, 12 : 326-328, 2015
    pubmed
  • 6) Maeder ML, et al : Nat Biotechnol, 31 : 1137-1142, 2013
  • 7) Morita S, et al : Nat Biotechnol, 34 : 1060-1065, 2016
    pubmed
  • 8) Hilton IB, et al : Nat Biotechnol, 33 : 510-517, 2015
    pubmed
  • 9) Mendenhall EM, et al : Nat Biotechnol, 31 : 1133-1136, 2013
  • 10) Kearns NA, et al : Nat Methods, 12 : 401-403, 2015
    pubmed

P.362 掲載の参考文献

  • 1) 橋本真一 : シングルセル (1) : 機器・方法編 C1以外で世界的に開発されている機器・方法について. 「実験医学別冊 NGSアプリケーション RNA-Seq実験ハンドブック」 (鈴木穣/編), pp159-165, 羊土社, 2016
  • 1) Dexter DL & Leith JT : J Clin Oncol, 4 : 244-257, 1986
  • 2) Burrell RA, et al : Nature, 501 : 338-345, 2013
  • 2) 鈴木絢子 : シングルセル (3) : C1システムのプロトコールと実施例. 「実験医学別冊 NGSアプリケーション RNA-Seq実験ハンドブック」 (鈴木穣/編), pp174-181, 羊土社, 2016
  • 3) Buenrostro JD, et al : Nature, 523 : 486-490, 2015
  • 4) Cheow LF, et al : Nat Methods, 13 : 833-836, 2016
  • 5) 10x GENOMICS : Chromium(TM) Single Cell 3' Reagent Kits v2 User Guide. https://support.10xgenomics.com/single-cell/sample-prep/doc/user-guide-chromium-single-cell-3-reagent-kit-v2-chemistry (2017年4月閲覧)
  • 6) 10x GENOMICS : CHROMIUM(TM) Single Cell 3' Solution. https://www.10xgenomics.com/single-cell/ (2017年3月閲覧)
  • 7) バイオ・ラッド ラボラトリーズ社 : ddSEQ(TM) Single-Cell Isolator. http://www.bio-rad.com/ja-jp/product/ddseq-single-cell-isolator (2017年4月閲覧)
  • 8) Illumina Bio-Rad SureCell WTA 3' Library Prep Reference Guide. https://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/surecell/surecell-wta3-library-prep-reference-guide-1000000021452-00.pdf (2017年4月閲覧)
  • 9) WAFERGEN BIOSYSTEMS : ICELL8(TM) Single-Cell System. http://www.wafergen.com/products/icell8-single-cell-system (2017年3月閲覧)
  • 10) タカラバイオ社 : ICELL8(TM) Single-Cell System SmartChipテクノロジーによるシングルセル解析システム. http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100009211 (2017年4月閲覧)
  • 11) Smallwood SA, et al : Nat Methods, 11 : 817-820, 2014
    pubmed
  • 12) Rotem A, et al : Nat Biotechnol, 33 : 1165-1172, 2015
    pubmed
  • 13) Achim K, et al : Nat Biotechnol, 33 : 503-509, 2015
    pubmed
  • 14) Satija R, et al : Nat Biotechnol, 33 : 495-502, 2015
    pubmed
  • 16) Tirosh I, et al : Nature, 539 : 309-313, 2016
    pubmed
  • 17) Reinius B, et al : Nat Genet, 48 : 1430-1435, 2016
  • 18) Reinius B & Sandberg R : Nat Rev Genet, 16 : 653-664, 2015

P.369 掲載の参考文献

  • 1) Kustatscher G, et al : Nat Protoc, 9 : 2090-2099, 2014
  • 2) Ong SE, et al : Mol Cell Proteomics, 1 : 376-386, 2002
  • 3) Shiio Y, et al : J Am Soc Mass Spectrom, 14 : 696-703, 2003
  • 4) Adachi J, et al : Anal Chem, 88 : 7899-7903, 2016
  • 5) Tyanova S, et al : Nat Protoc, 11 : 2301-2319, 2016

P.378 掲載の参考文献

  • 1) Dejardin J & Kingston RE : Cell, 136 : 175-186, 2009
    pubmed
  • 2) Saksouk N, et al : Mol Cell, 56 : 580-594, 2014
  • 3) Ide S & Dejardin J : Nat Commun, 6 : 6674, 2015

P.388 掲載の参考文献

  • 1) Petrossian TC & Clarke SG : Mol Cell Proteomics, 10 : M110.000976, 2011
  • 2) Bothwell IR, et al : J Am Chem Soc, 134 : 14905-14912, 2012
  • 3) Shimazu T, et al : PLoS One, 9 : e105394, 2014
  • 4) Guo A, et al : Mol Cell Proteomics, 13 : 372-387, 2014
  • 5) Liu H, et al : Mol Cell, 50 : 723-735, 2013
  • 6) Carlson SM, et al : Nat Protoc, 9 : 37-50, 2014
  • 7) Levy D, et al : Epigenetics Chromatin, 4 : 19, 2011
  • 8) Wang K, et al : Anal Chem, 88 : 11319-11327, 2016
  • 9) Wang R & Luo M : Curr Opin Chem Biol, 17 : 729-737, 2013
  • 10) Huber TD, et al : Curr Opin Biotechnol, 42 : 189-197, 2016
  • 11) Willnow S, et al : Chembiochem, 13 : 1167-1173, 2012
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